Thời kì ban đầu (1906 - 1945)

Tên 1. FC Union Berlin được sử dụng bởi hai câu lạc bộ bóng đá có chung nguồn gốc là FC Olympia 06 Oberschöneweide, được thành lập vào năm 1906 tại quận Oberschöneweide của Berlin. Đội kia mang tên SC Union 06 Oberschöneweide thành lập vào năm 1910. Union là một trong những câu lạc bộ hàng đầu của Berlin trong thời kỳ giữa hai thế chiến, thường xuyên giành được các giải vô địch địa phương và thi đấu ở cấp quốc gia, bao gồm sự xuất hiện trong trận chung kết Giải vô địch Đức năm 1923, nhưng để thua 0-3 trước Hamburger SV.

Ban đầu, đội có biệt danh là "Schlosserjungs" (những người thợ cơ khí), vì bộ đồ màu xanh của họ, gợi nhớ đến quần áo làm việc điển hình được mặc trong các nhà máy của quận công nghiệp Oberschöneweide. Lời cổ vũ phổ biến của những người ủng hộ Union - "Eisern Union!" (Liên minh sắt) - cũng xuất hiện vào thời điểm này. Kể từ khi thành lập, câu lạc bộ có hình ảnh của tầng lớp lao động rõ ràng trái ngược với các câu lạc bộ địa phương khác có nguồn gốc trung lưu, như Viktoria 89 Berlin, Blau-Weiß 90 Berlin, BSV 92 Berlin hoặc Tennis Borussia Berlin.

Năm 1933, bóng đá Đức được tổ chức lại dưới thời Đệ tam đế chế thành 16 bộ phận của giải hàng đầu được gọi là Gauligen. Union là thành viên của Gauliga Berlin-Brandenburg nơi họ thường có kết quả trung bình. Họ đã xuống hạng năm 1935 và trở lại giải hạng nhất vào năm 1936 chỉ sau một mùa vắng mặt. Năm 1940, đội đứng đầu bảng B của giải và sau đó đánh bại Blau-Weiss (1-2;3-0) để giành danh hiệu vô địch khu vực. Câu lạc bộ tham gia vòng play-off quốc gia nơi họ bị loại bởi Rapid Wien ở vòng đầu tiên (2-3;1-3). Đội đã xuống hạng một lần nữa vào năm 1942 và chơi mùa Gauliga rút ngắn bởi chiến tranh cuối cùng vào năm 1944.

Giải thể và chia tách (1945-1961)

Sau Thế chiến II, chính quyền đồng minh chiếm đóng đã ra lệnh giải thể tất cả các tổ chức ở Đức, bao gồm các hiệp hội thể thao và bóng đá. Một nhóm thể thao thành phố mới có tên SG Oberschöneweide được thành lập vào cuối năm 1945 và nó đã chơi ở Giải Thành phố được tổ chức ngay sau cuộc chiến với bốn bộ phận khu vực. Đội không đủ điều kiện tham gia Oberliga Berlin (I) mới được thành lập vào năm 1946 sau một mùa giải nghèo nàn, nhưng đã được thăng hạng vào năm 1947, giành được danh hiệu thành phố ngay lập tức và lấy lại tên câu lạc bộ là SG Union 06 Oberschöneweide trong năm 1948.

Câu lạc bộ đã kết thúc mùa giải 1949-50 ở vị trí thứ hai tại Berlin và đủ điều kiện tham gia vòng chung kết quốc gia. Tuy nhiên, căng thẳng chiến tranh lạnh leo thang khiến chính quyền Liên Xô từ chối cho phép đội đi tham gia. Đội tách ra thành hai khi hầu hết các cầu thủ và huấn luyện viên chạy trốn về phía tây để thành lập Câu lạc bộ Thể thao 06 Berlin tham gia trận đấu play-off theo lịch trình tại Kiel với Hamburger SV, thua 0-7.[5][6]

Những người chơi còn lại ở phía đông tiếp tục thi đấu với tên Union Oberschöneweide trong khi một số người chơi tiếp tục trốn sang phía tây để thành lập một câu lạc bộ thứ ba là Berliner Ballspiel-Club Südost. Đội phía tây là một đội mạnh cho đến khi xây dựng Bức tường Berlin vào năm 1961, thu hút rất đông người đến xem các trận đấu tại Olympiastadion. Sự phân chia của thành phố đã khiến câu lạc bộ không may phải thi đấu ở phần ít dân cư hơn và thưa thớt người hâm mộ.

Tái khởi động với tên Union Berlin (1961-1990)

Chi nhánh phía đông của câu lạc bộ đã trải qua một số thay đổi tên: Union Oberschöneweide (1950), BSG Motor Oberschöneweide (1951), SC Motor Berlin (1955), TSC Oberschöneweide (1957), TSC Berlin (1963) - cuối cùng trở thành câu lạc bộ bóng đá 1. FC Union Berlin năm 1966. Đội đã có sự cạnh tranh với Dynamo Berlin được tài trợ bởi Stasi trong tình trạng yếu thế. Trong khi đối thủ Dynamo giành được 10 danh hiệu liên tiếp, Union lên xuống hạng giữa DDR-Oberliga và DDR-Liga với rất ít thành công. Union đã giành được Cup Đông Đức vào năm 1968 khi họ đánh bại FC Carl Zeiss Jena 2-1 mặc dù họ đã thua trong lần lọt vào chung kết thứ hai vào năm 1986 trước 1. FC Lokomactor Leipzig với tỷ số 1-5.

2. Thời đại Bundesliga (1990-2019)

Sau khi thống nhất nước Đức năm 1990, đội được phân tham gia hạng Regionalliga - giải hạng ba. Đội tiếp tục thể hiện tốt trên sân, nhưng gần như sụp đổ về tài chính. Đội đã cố gắng vượt qua thời điểm khó khăn và tìm kiếm sự tài trợ, và tuy vô địch 2 lần vào năm 1993 và 1994 nhưng bị từ chối thăng hạng lên 2. Bundesliga do vấn đề tài chính của họ. Câu lạc bộ lâm vào khủng hoảng tài chính vào năm 1997.

Cuối cùng đội đã thành công vào năm 2000-01, dưới sự quản lý của huấn luyện viên Bulgaria, Georgi Vasilev, dễ dàng vô địch Regionalliga Nord (hạng III) và thăng lên hạng nhì để trở thành đội bóng nổi tiếng thứ hai của thành phố. Cùng năm đó, đội đi đến trận chung kết Cúp bóng đá Đức,đội thua 0-2 trước FC Schalke 04, và tiến xa tới vòng thứ hai tại UEFA Cup trước khi bị PFC Litex Lovech của Bulgaria loại. Câu lạc bộ đã xuống hạng Regionalliga Nord (III) vào năm 2004-05 và sau đó xuống NOFV-Oberliga Nord (IV) vào năm 2005-06, nhưng đã trở lại chơi ở giải hạng ba sau khi vô địch Oberliga. Vào năm 2008-09, Union trở thành một trong những câu lạc bộ sáng lập giải 3. Liga, là giải hạng ba mới, và ngay lập tức vô địch mùa giải đầu tiên, và thăng hạng lên 2. Bundesliga ngày 10 tháng 5. Họ thi đấu ở hạng 2 liên tục cho đến mùa giải 2018-19, khi họ lần đầu tiên thăng hạng lên Bundesliga sau khi đánh bại VfB Stuttgart trong trận play-off. Các cổ động viên tràn vào sân cỏ, nhưng không ai bị thương.[7]

Kỷ nguyên Bundesliga (2019-hiện tại)

Union Berlin trở thành câu lạc bộ Bundesliga đầu tiên từ Đông Berlin cũ và thứ năm từ Đông Đức cũ, sau Dynamo Dresden, Hansa Rostock, VfB Leipzig và Energie Cottbus. Đội là câu lạc bộ thứ sáu để giành quyền thăng hạng từ 2. Bundesliga bằng cách đánh bại đội Bundesliga thứ 16 trong trận play-off - kể từ mùa giải 1981-82, những đội khác là Bayer Uerdingen, 1. FC Saarbrücken, Kickgarter Kickers, 1. FC Nürnberg và Fortuna Düsseldorf. Trước mùa giải ra mắt của Union Berlin tại Bundesliga, câu lạc bộ đã ký hợp đồng với Neven Subotić,[8] Anthony Ujah[9] và Christian Gentner,[10] cũng như tái ký với Marvin Friedrich, người đã ghi bàn thắng quyết định vào lưới Stuttgart trong trận đấu play-offs trong mùa giải trước để đảm bảo thăng hạng cho câu lạc bộ.[11]